Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SDC1P18827 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SDC1P18827 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SDC1P18827 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SDC1P18827 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SDC1P18827 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SDC1P18827 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
SDC1P18827 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SDC1P18827 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SDC1P18827 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SDC1P18827 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
SDC1P18827 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SDC1P18827 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SDC1P18827 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SDC1P18827 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SDC1P18827 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SDC1P18827 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SDC1P18827 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SDC1P18827 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SDC1P18827 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SDC1P18827 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SDC1P18827 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SDC1P18827 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SDC1P18827 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SDC1P18827 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SDC1P18827 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDC1P18827 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDC1P18827 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDC1P18827 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDC1P18827 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
SDC1P18827 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDC1P18827 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDC1P18827 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDC1P18827 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDC1P18827 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDC1P18827 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDC1P18827 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDC1P18827 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDC1P18827 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDC1P18827 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDC1P18827 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDC1P18827 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDC1P18827 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDC1P18827 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDC1P18827 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDC1P18827 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDC1P18827 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SDC1P18827 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDC1P18827 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SDC1P18827 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.03
SDC1P18827 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
SDC1P18827 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
SDC1P18827 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
SDC1P18827 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SDC1P18827 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SDC1P18827 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SDC1P18827 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SDC1P18827 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SDC1P18827 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SDC1P18827 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SDC1P18827 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SDC1P18827 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SDC1P18827 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDC1P18827 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDC1P18827 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDC1P18827 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDC1P18827 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDC1P18827 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDC1P18827 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SDC1P18827 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDC1P18827 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDC1P18827 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDC1P18827 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDC1P18827 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDC1P18827 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDC1P18827 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDC1P18827 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
SDC1P18827 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDC1P18827 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDC1P18827 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDC1P18827 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDC1P18827 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
SDC1P18827 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDC1P18827 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDC1P18827 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDC1P18827 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDC1P18827 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDC1P18827 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDC1P18827 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDC1P18827 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDC1P18827 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDC1P18827 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDC1P18827 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDC1P18827 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDC1P18827 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDC1P18827 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDC1P18827 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SDC1P18827 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SDC1P18827 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SDC1P18827 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.7 ms