Protein–RNA interactions for Protein: Q6NUP7

PPP4R4, Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 4, humanhuman

Predictions only

Length 873 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PPP4R4Q6NUP7 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
PPP4R4Q6NUP7 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PPP4R4Q6NUP7 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms