Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC11O43248 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC11O43248 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.4 ms