Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP3Q9Y3E7 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
CHMP3Q9Y3E7 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 92.7 ms