Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SDC1P18827 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SDC1P18827 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SDC1P18827 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SDC1P18827 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SDC1P18827 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SDC1P18827 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SDC1P18827 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SDC1P18827 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SDC1P18827 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SDC1P18827 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
SDC1P18827 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
SDC1P18827 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SDC1P18827 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SDC1P18827 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SDC1P18827 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDC1P18827 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
SDC1P18827 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDC1P18827 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDC1P18827 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDC1P18827 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDC1P18827 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDC1P18827 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDC1P18827 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDC1P18827 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDC1P18827 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDC1P18827 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SDC1P18827 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SDC1P18827 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SDC1P18827 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SDC1P18827 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SDC1P18827 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
SDC1P18827 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SDC1P18827 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SDC1P18827 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SDC1P18827 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDC1P18827 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SDC1P18827 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SDC1P18827 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SDC1P18827 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SDC1P18827 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SDC1P18827 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SDC1P18827 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SDC1P18827 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SDC1P18827 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SDC1P18827 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.07
SDC1P18827 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
SDC1P18827 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
SDC1P18827 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
SDC1P18827 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
SDC1P18827 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
SDC1P18827 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDC1P18827 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDC1P18827 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDC1P18827 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDC1P18827 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDC1P18827 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDC1P18827 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDC1P18827 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDC1P18827 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDC1P18827 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDC1P18827 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDC1P18827 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms