Protein–RNA interactions for Protein: P06340

HLA-DOA, HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DOAP06340 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.08■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC27.08■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
HLA-DOAP06340 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HLA-DOAP06340 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 98.9 ms