Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
DDX28Q9NUL7 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC20.75■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
DDX28Q9NUL7 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.4 ms