Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TRIM28Q13263 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
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