Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC29.6■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CHMP4AQ9BY43 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
CHMP4AQ9BY43 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CHMP4AQ9BY43 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms