Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL9A1P20849 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL9A1P20849 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms