Protein–RNA interactions for Protein: P46779

RPL28, 60S ribosomal protein L28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPL28P46779 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
RPL28P46779 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPL28P46779 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
RPL28P46779 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPL28P46779 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPL28P46779 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPL28P46779 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPL28P46779 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPL28P46779 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPL28P46779 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPL28P46779 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPL28P46779 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPL28P46779 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPL28P46779 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPL28P46779 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPL28P46779 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPL28P46779 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPL28P46779 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
RPL28P46779 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPL28P46779 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPL28P46779 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPL28P46779 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPL28P46779 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPL28P46779 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPL28P46779 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPL28P46779 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPL28P46779 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPL28P46779 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPL28P46779 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPL28P46779 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPL28P46779 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPL28P46779 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPL28P46779 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPL28P46779 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
RPL28P46779 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPL28P46779 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPL28P46779 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPL28P46779 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPL28P46779 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPL28P46779 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPL28P46779 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPL28P46779 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPL28P46779 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPL28P46779 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPL28P46779 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPL28P46779 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPL28P46779 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPL28P46779 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPL28P46779 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPL28P46779 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPL28P46779 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPL28P46779 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
RPL28P46779 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPL28P46779 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPL28P46779 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPL28P46779 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPL28P46779 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPL28P46779 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPL28P46779 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPL28P46779 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPL28P46779 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPL28P46779 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPL28P46779 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPL28P46779 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
RPL28P46779 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPL28P46779 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPL28P46779 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPL28P46779 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPL28P46779 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPL28P46779 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPL28P46779 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPL28P46779 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPL28P46779 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPL28P46779 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPL28P46779 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPL28P46779 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPL28P46779 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPL28P46779 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPL28P46779 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPL28P46779 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPL28P46779 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.7 ms