Protein–RNA interactions for Protein: O15116

LSM1, U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 133 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LSM1O15116 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LSM1O15116 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LSM1O15116 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LSM1O15116 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LSM1O15116 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LSM1O15116 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LSM1O15116 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LSM1O15116 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LSM1O15116 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LSM1O15116 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LSM1O15116 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LSM1O15116 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LSM1O15116 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LSM1O15116 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LSM1O15116 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LSM1O15116 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LSM1O15116 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LSM1O15116 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LSM1O15116 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LSM1O15116 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LSM1O15116 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LSM1O15116 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LSM1O15116 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LSM1O15116 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LSM1O15116 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LSM1O15116 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LSM1O15116 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LSM1O15116 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LSM1O15116 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LSM1O15116 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LSM1O15116 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LSM1O15116 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LSM1O15116 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LSM1O15116 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LSM1O15116 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LSM1O15116 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LSM1O15116 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LSM1O15116 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LSM1O15116 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LSM1O15116 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LSM1O15116 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LSM1O15116 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LSM1O15116 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LSM1O15116 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LSM1O15116 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LSM1O15116 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
LSM1O15116 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LSM1O15116 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LSM1O15116 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LSM1O15116 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LSM1O15116 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LSM1O15116 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LSM1O15116 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LSM1O15116 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LSM1O15116 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
LSM1O15116 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LSM1O15116 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LSM1O15116 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LSM1O15116 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LSM1O15116 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LSM1O15116 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LSM1O15116 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LSM1O15116 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LSM1O15116 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LSM1O15116 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LSM1O15116 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LSM1O15116 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LSM1O15116 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LSM1O15116 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
LSM1O15116 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LSM1O15116 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LSM1O15116 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LSM1O15116 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LSM1O15116 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LSM1O15116 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LSM1O15116 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LSM1O15116 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LSM1O15116 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LSM1O15116 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LSM1O15116 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LSM1O15116 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LSM1O15116 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LSM1O15116 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LSM1O15116 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LSM1O15116 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LSM1O15116 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LSM1O15116 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LSM1O15116 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LSM1O15116 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LSM1O15116 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LSM1O15116 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LSM1O15116 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LSM1O15116 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LSM1O15116 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LSM1O15116 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
LSM1O15116 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LSM1O15116 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LSM1O15116 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LSM1O15116 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LSM1O15116 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms