Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
BRPF3Q9ULD4 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
BRPF3Q9ULD4 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
BRPF3Q9ULD4 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
BRPF3Q9ULD4 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
BRPF3Q9ULD4 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
BRPF3Q9ULD4 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
BRPF3Q9ULD4 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
BRPF3Q9ULD4 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
BRPF3Q9ULD4 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
BRPF3Q9ULD4 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
BRPF3Q9ULD4 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
BRPF3Q9ULD4 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
BRPF3Q9ULD4 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
BRPF3Q9ULD4 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
BRPF3Q9ULD4 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62 ms