Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA1P49639 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA1P49639 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 172.5 ms