Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHMT2P34897 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SHMT2P34897 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SHMT2P34897 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SHMT2P34897 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHMT2P34897 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHMT2P34897 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
SHMT2P34897 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHMT2P34897 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.9 ms