Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 TAF9-202ENST00000328663 1461 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.22e-8■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 AK6-202ENST00000380822 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.552e-8■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 AK6-203ENST00000502819 743 ntTSL 5 BASIC7.96□□□□□ -1.142e-8■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 AK6-205ENST00000618980 483 ntTSL 2 BASIC7.91□□□□□ -1.142e-8■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 TAF9-205ENST00000506736 1331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC6.68□□□□□ -1.342e-8■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 AK6-204ENST00000512561 587 ntTSL 5 BASIC6.28□□□□□ -1.42e-8■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 MIR17HG-203ENST00000582141 2845 ntTSL 1 (best)17.02■□□□□ 0.317e-11■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 MIR17HG-202ENST00000581816 2032 ntTSL 1 (best) BASIC7.61□□□□□ -1.197e-11■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.483e-6■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 PAIP2-206ENST00000510409 815 ntTSL 217.8■□□□□ 0.443e-6■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 PAIP2-204ENST00000507755 776 ntTSL 517.31■□□□□ 0.363e-6■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 PAIP2-202ENST00000394795 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.163e-6■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 PAIP2-207ENST00000511381 365 ntTSL 513.95□□□□□ -0.183e-6■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 PAIP2-201ENST00000265192 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.55□□□□□ -0.43e-6■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 PAIP2-205ENST00000510080 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.473e-6■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 SRSF11-205ENST00000460795 528 ntTSL 27.26□□□□□ -1.255e-7■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.119e-8■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.223e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 EEF1E1-204ENST00000502429 591 ntTSL 38.11□□□□□ -1.113e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 EEF1E1-201ENST00000379715 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.89□□□□□ -1.313e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 EEF1E1-BLOC1S5-201ENST00000397456 768 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.5□□□□□ -1.533e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 STXBP5-204ENST00000367481 9177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.982e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 STXBP5-201ENST00000321680 3456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC7.03□□□□□ -1.282e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 STXBP5-203ENST00000367480 3297 ntTSL 5 BASIC6.82□□□□□ -1.322e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 SF3A3-201ENST00000373019 3673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.97□□□□□ -0.974e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 SF3A3-202ENST00000460925 793 ntTSL 25.91□□□□□ -1.464e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 RSRP1-222ENST00000570063 1821 ntTSL 517.37■□□□□ 0.373e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.183e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 RSRP1-217ENST00000568254 2013 ntTSL 1 (best)15.12■□□□□ 0.013e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 RSRP1-204ENST00000473314 3034 ntTSL 213.69□□□□□ -0.223e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 RSRP1-212ENST00000565733 772 ntTSL 313.37□□□□□ -0.273e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 RSRP1-207ENST00000498238 2941 ntTSL 212.24□□□□□ -0.453e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 RSRP1-213ENST00000566395 824 ntTSL 39.11□□□□□ -0.953e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 RSRP1-210ENST00000564223 395 ntTSL 38.35□□□□□ -1.073e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 RSRP1-221ENST00000569495 901 ntTSL 27.29□□□□□ -1.243e-6■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 NCBP3-203ENST00000574379 918 ntTSL 29.36□□□□□ -0.911e-7■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 NCBP3-204ENST00000574911 2701 ntTSL 1 (best)8.73□□□□□ -1.011e-7■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 NCBP3-205ENST00000575815 4096 ntTSL 28.33□□□□□ -1.081e-7■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 PSIP1-211ENST00000495873 863 ntTSL 28.12□□□□□ -1.111e-7■■□□□ 11.7
CPSF6Q16630 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.571e-5■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.141e-5■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.091e-5■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 AC132872.1-201ENST00000566986 1195 ntBASIC12.69□□□□□ -0.381e-5■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 FNIP1-203ENST00000510461 3845 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.68□□□□□ -0.861e-5■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 RSF1-210ENST00000531768 626 ntTSL 27.86□□□□□ -1.151e-5■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 RSF1-211ENST00000532556 495 ntTSL 37.62□□□□□ -1.191e-5■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 RSF1-201ENST00000308488 11550 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC7.47□□□□□ -1.211e-5■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 RSF1-204ENST00000480887 5318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.52□□□□□ -1.531e-5■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 CPED1-203ENST00000423795 2189 ntTSL 1 (best) BASIC5.51□□□□□ -1.531e-5■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 RSF1-205ENST00000526324 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)5.44□□□□□ -1.541e-5■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 NCL-210ENST00000494618 910 ntTSL 29.02□□□□□ -0.971e-55■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.292e-14■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.052e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-201ENST00000394366 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.342e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-215ENST00000556587 1863 ntTSL 1 (best)12.33□□□□□ -0.442e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-205ENST00000553635 1412 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.552e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-212ENST00000556184 2443 ntTSL 1 (best)10.13□□□□□ -0.792e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-208ENST00000554929 947 ntTSL 29.87□□□□□ -0.832e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-217ENST00000557154 1500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9□□□□□ -0.972e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-211ENST00000555547 2057 ntTSL 58.45□□□□□ -1.062e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-216ENST00000556647 644 ntTSL 28.3□□□□□ -1.082e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-207ENST00000554465 3044 ntTSL 1 (best)7.8□□□□□ -1.162e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 CCAR1-202ENST00000398676 565 ntTSL 310.61□□□□□ -0.712e-7■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 NCL-209ENST00000484328 369 ntTSL 26.13□□□□□ -1.435e-29■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.833e-18■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 HMGB1-202ENST00000339872 2319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.323e-18■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 HMGB1-206ENST00000405805 4199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.83□□□□□ -0.523e-18■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 HMGB1-203ENST00000341423 5485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.16□□□□□ -1.13e-18■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 HMGB1-204ENST00000399489 1727 ntTSL 1 (best) BASIC6.02□□□□□ -1.453e-18■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 LINC01355-201ENST00000566551 5444 ntBASIC4.55□□□□□ -1.687e-9■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 MALAT1-202ENST00000534336 8708 ntBASIC9.06□□□□□ -0.964e-61■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 MICALL2-204ENST00000467394 2080 ntTSL 219.6■□□□□ 0.732e-12■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 MICALL2-209ENST00000479007 1855 ntTSL 219.09■□□□□ 0.652e-12■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 MICALL2-208ENST00000472100 5248 ntTSL 217.86■□□□□ 0.452e-12■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 MICALL2-215ENST00000496184 2722 ntTSL 217.09■□□□□ 0.332e-12■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 MICALL2-205ENST00000467783 639 ntTSL 316.77■□□□□ 0.282e-12■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 MICALL2-206ENST00000470807 668 ntTSL 316.06■□□□□ 0.162e-12■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.162e-12■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 MICALL2-207ENST00000471899 899 ntTSL 214.65□□□□□ -0.062e-12■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 MICALL2-202ENST00000413446 3046 ntTSL 213.24□□□□□ -0.292e-12■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 MICALL2-214ENST00000493998 404 ntTSL 211.92□□□□□ -0.52e-12■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 CHD4-214ENST00000545942 1317 ntTSL 1 (best)21.08■□□□□ 0.971e-9■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 CHD4-213ENST00000545584 553 ntTSL 418.46■□□□□ 0.551e-9■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 CHD4-202ENST00000430771 527 ntTSL 410.53□□□□□ -0.721e-9■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 PUM1-201ENST00000257075 5360 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.64□□□□□ -0.713e-6■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 PUM1-204ENST00000373747 5375 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.25□□□□□ -1.093e-6■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 PUM1-205ENST00000424085 4631 ntTSL 5 BASIC7.88□□□□□ -1.153e-6■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.118e-11■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.068e-11■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 HSP90B1-203ENST00000548462 3032 ntTSL 211.39□□□□□ -0.598e-11■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.675e-12■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 SET-204ENST00000372692 2850 ntTSL 1 (best) BASIC9.63□□□□□ -0.875e-12■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 SET-205ENST00000409104 962 ntTSL 5 BASIC8.74□□□□□ -1.015e-12■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 SET-202ENST00000372686 1029 ntTSL 26.36□□□□□ -1.395e-12■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 SET-203ENST00000372688 801 ntTSL 2 BASIC5.53□□□□□ -1.525e-12■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 NAP1L1-222ENST00000551992 1074 ntTSL 522.8■■□□□ 1.243e-17■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 NAP1L1-214ENST00000548273 818 ntTSL 311.82□□□□□ -0.523e-17■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 NAP1L1-209ENST00000547704 760 ntTSL 58.72□□□□□ -1.013e-17■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 NAP1L1-221ENST00000551600 786 ntTSL 58.72□□□□□ -1.013e-17■■□□□ 11.4
CPSF6Q16630 NAP1L1-218ENST00000550934 851 ntTSL 57.68□□□□□ -1.183e-17■■□□□ 11.4
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