Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL4A4P53420 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 1683 ms