Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL4A3Q01955 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms