Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC18.39■□□□□ 0.54
HOXD3P31249 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms