Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC1P18827 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC1P18827 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC1P18827 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC1P18827 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC1P18827 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC1P18827 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SDC1P18827 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SDC1P18827 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SDC1P18827 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SDC1P18827 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SDC1P18827 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC1P18827 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC1P18827 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC1P18827 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC1P18827 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC1P18827 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC1P18827 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC1P18827 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC1P18827 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC1P18827 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
SDC1P18827 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDC1P18827 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDC1P18827 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SDC1P18827 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SDC1P18827 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDC1P18827 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDC1P18827 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDC1P18827 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SDC1P18827 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC1P18827 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC1P18827 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC1P18827 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC1P18827 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC1P18827 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC1P18827 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC1P18827 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC1P18827 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC1P18827 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC1P18827 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC1P18827 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SDC1P18827 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SDC1P18827 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SDC1P18827 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SDC1P18827 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SDC1P18827 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SDC1P18827 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SDC1P18827 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC1P18827 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC1P18827 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC1P18827 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC1P18827 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC1P18827 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC1P18827 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC1P18827 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC1P18827 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SDC1P18827 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SDC1P18827 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SDC1P18827 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SDC1P18827 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SDC1P18827 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SDC1P18827 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SDC1P18827 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SDC1P18827 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SDC1P18827 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SDC1P18827 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SDC1P18827 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC1P18827 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC1P18827 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC1P18827 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC1P18827 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC1P18827 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC1P18827 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC1P18827 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC1P18827 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC1P18827 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC1P18827 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC1P18827 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC1P18827 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC1P18827 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC1P18827 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC1P18827 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC1P18827 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SDC1P18827 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SDC1P18827 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
SDC1P18827 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
SDC1P18827 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SDC1P18827 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SDC1P18827 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDC1P18827 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDC1P18827 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDC1P18827 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDC1P18827 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDC1P18827 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDC1P18827 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDC1P18827 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SDC1P18827 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SDC1P18827 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SDC1P18827 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SDC1P18827 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.7 ms