Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC21.89■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SPTA1P02549 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms