Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
DKK3Q9UBP4 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
DKK3Q9UBP4 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
DKK3Q9UBP4 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
DKK3Q9UBP4 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
DKK3Q9UBP4 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 468.2 ms