Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC19.64■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.74
HOXA1P49639 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC19.63■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
HOXA1P49639 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXA1P49639 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms