Protein–RNA interactions for Protein: O75940

SMNDC1, Survival of motor neuron-related-splicing factor 30, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 238 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMNDC1O75940 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.458e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.438e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.348e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 DAPK1-206ENST00000469067 2499 ntTSL 216.94■□□□□ 0.38e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.288e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 CXXC1-214ENST00000590901 2562 ntTSL 216.63■□□□□ 0.258e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.258e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.118e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 SPPL2B-214ENST00000622308 749 ntTSL 1 (best)15.5■□□□□ 0.078e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 PABPC1-208ENST00000519004 2401 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.038e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 PABPC1-201ENST00000318607 3485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.018e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 WDR59-201ENST00000262144 5898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.028e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 PABPC1-221ENST00000522720 593 ntTSL 414.66□□□□□ -0.068e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 DAPK1-201ENST00000358077 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.318e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 CXXC1-213ENST00000590234 784 ntTSL 213.08□□□□□ -0.328e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 KIF13A-201ENST00000259711 5941 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.338e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 DAPK1-213ENST00000491893 4186 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.458e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 PABPC1-219ENST00000522387 2331 ntTSL 2 BASIC12.04□□□□□ -0.488e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 DAPK1-219ENST00000622514 5772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.548e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 DAPK1-209ENST00000472284 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.548e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 WDR59-223ENST00000616369 1953 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.558e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 PABPC1-205ENST00000518196 631 ntTSL 311.51□□□□□ -0.578e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 KIF13A-210ENST00000506044 810 ntTSL 410.52□□□□□ -0.738e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 PABPC1-224ENST00000610907 1569 ntTSL 1 (best) BASIC10.51□□□□□ -0.738e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 KIF13A-213ENST00000636847 5538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.42□□□□□ -0.748e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 PABPC1-214ENST00000520142 754 ntTSL 39.88□□□□□ -0.838e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 KIF13A-203ENST00000378814 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.82□□□□□ -0.848e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 DAPK1-212ENST00000489291 4334 ntTSL 1 (best)9.74□□□□□ -0.858e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 KIF13A-204ENST00000378826 5747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.57□□□□□ -0.888e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 PABPC1-203ENST00000517921 885 ntTSL 59.47□□□□□ -0.898e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 WDR59-205ENST00000562371 562 ntTSL 28.84□□□□□ -0.998e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 PABPC1-222ENST00000523555 522 ntTSL 38.52□□□□□ -1.058e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 WDR59-219ENST00000569549 934 ntTSL 57.84□□□□□ -1.158e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 KIF13A-202ENST00000358380 4200 ntTSL 1 (best)7.78□□□□□ -1.168e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 WDR59-203ENST00000561717 542 ntTSL 37.75□□□□□ -1.178e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 KIF13A-205ENST00000378843 5707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.55□□□□□ -1.28e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 KIF13A-206ENST00000502297 4009 ntTSL 57.2□□□□□ -1.268e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 DAPK1-203ENST00000463069 327 ntTSL 47.03□□□□□ -1.288e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 WDR59-206ENST00000562539 536 ntTSL 26.35□□□□□ -1.398e-8■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 SEMA4C-202ENST00000442264 817 ntTSL 318.3■□□□□ 0.525e-17■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.095e-17■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 SEMA4C-203ENST00000449330 839 ntTSL 313.1□□□□□ -0.315e-17■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.443e-35■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.233e-35■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 HSPA8-215ENST00000532091 2301 ntTSL 512.67□□□□□ -0.383e-35■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 HSPA8-221ENST00000533540 1826 ntTSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.443e-35■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 HSPA8-218ENST00000532636 2306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.72□□□□□ -0.533e-35■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 HSPA8-201ENST00000227378 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.553e-35■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 HSPA8-222ENST00000534319 1884 ntTSL 2 BASIC11.57□□□□□ -0.563e-35■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 HSPA8-203ENST00000524552 963 ntTSL 1 (best)10.99□□□□□ -0.653e-35■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 HSPA8-207ENST00000526110 1924 ntTSL 5 BASIC10.9□□□□□ -0.663e-35■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.595e-6■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.365e-6■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 GLB1-218ENST00000497796 899 ntTSL 314.32□□□□□ -0.125e-6■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 GLB1-203ENST00000399402 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.34□□□□□ -0.595e-6■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 GLB1-212ENST00000467571 517 ntTSL 38.32□□□□□ -1.085e-6■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 GLB1-216ENST00000485698 550 ntTSL 47.24□□□□□ -1.255e-6■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 GLB1-215ENST00000482097 547 ntTSL 57.24□□□□□ -1.255e-6■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 GLB1-214ENST00000481581 319 ntTSL 53.07□□□□□ -1.925e-6■■■■■ 27.3
SMNDC1O75940 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.43e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 CTDSP1-213ENST00000496785 460 ntTSL 517.22■□□□□ 0.353e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 CTDSP1-207ENST00000473420 922 ntTSL 316.85■□□□□ 0.293e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 PRMT7-202ENST00000441236 2204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.13e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 CTDSP1-203ENST00000431127 586 ntTSL 315.54■□□□□ 0.083e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 CTDSP1-215ENST00000498160 877 ntTSL 515.54■□□□□ 0.083e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 PRMT7-214ENST00000565356 1723 ntTSL 515.34■□□□□ 0.053e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 PRMT7-203ENST00000449359 2091 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.033e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC14.7□□□□□ -0.063e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 CTDSP1-214ENST00000497677 998 ntTSL 214.25□□□□□ -0.133e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 CTDSP1-209ENST00000488627 1118 ntTSL 314.25□□□□□ -0.133e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 CTDSP1-205ENST00000452977 818 ntTSL 513.96□□□□□ -0.173e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 CTDSP1-202ENST00000428361 842 ntTSL 513.96□□□□□ -0.173e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 PRMT7-223ENST00000567542 3542 ntTSL 1 (best)13.65□□□□□ -0.223e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 PRMT7-201ENST00000339507 4238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.263e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 GAK-206ENST00000504947 555 ntTSL 213.32□□□□□ -0.283e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 PRMT7-211ENST00000563608 626 ntTSL 512.78□□□□□ -0.363e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 CTDSP1-210ENST00000491064 786 ntTSL 312.36□□□□□ -0.433e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 CTDSP1-208ENST00000482272 984 ntTSL 212.13□□□□□ -0.473e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 CTDSP1-212ENST00000494067 362 ntTSL 312.11□□□□□ -0.473e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 CTDSP1-206ENST00000464255 926 ntTSL 511.72□□□□□ -0.533e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 PRMT7-225ENST00000568975 2996 ntTSL 211.49□□□□□ -0.573e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 DLGAP5-201ENST00000247191 2973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.32□□□□□ -0.763e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 DLGAP5-202ENST00000395425 2954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.96□□□□□ -1.623e-7■■■■■ 27.2
SMNDC1O75940 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.671e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-217ENST00000530005 1434 ntTSL 1 (best)17.3■□□□□ 0.361e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-224ENST00000533245 589 ntTSL 517.14■□□□□ 0.331e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-213ENST00000529494 560 ntTSL 417.14■□□□□ 0.331e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-207ENST00000526125 554 ntTSL 517.14■□□□□ 0.331e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.21e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-210ENST00000528187 648 ntTSL 515.44■□□□□ 0.061e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-214ENST00000529554 2207 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.191e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-211ENST00000529112 653 ntTSL 513.28□□□□□ -0.281e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-209ENST00000528098 1260 ntTSL 213.28□□□□□ -0.281e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-223ENST00000533235 581 ntTSL 512.98□□□□□ -0.331e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-221ENST00000532795 587 ntTSL 412.98□□□□□ -0.331e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-222ENST00000533051 571 ntTSL 212.76□□□□□ -0.371e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-216ENST00000529896 494 ntTSL 412.27□□□□□ -0.451e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-212ENST00000529113 541 ntTSL 512.26□□□□□ -0.451e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-204ENST00000524863 539 ntTSL 312.25□□□□□ -0.451e-6■■■■■ 27
SMNDC1O75940 SLC43A3-208ENST00000526621 562 ntTSL 412.25□□□□□ -0.451e-6■■■■■ 27
Retrieved 100 of 11,362 protein–RNA pairs in 134.3 ms