Protein–RNA interactions for Protein: A0A0J9YXS1

NPHP3-ACAD11, NPHP3-ACAD11 readthrough (NMD candidate) (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms