Protein–RNA interactions for Protein: Q9UQE7

SMC3, Structural maintenance of chromosomes protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,217 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC3Q9UQE7 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMC3Q9UQE7 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMC3Q9UQE7 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMC3Q9UQE7 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMC3Q9UQE7 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMC3Q9UQE7 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
SMC3Q9UQE7 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SMC3Q9UQE7 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
SMC3Q9UQE7 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC3Q9UQE7 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.2 ms