Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.51
LHX3Q9UBR4 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 229 ms