Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQ90

KLHDC3, Kelch domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHDC3Q9BQ90 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHDC3Q9BQ90 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
KLHDC3Q9BQ90 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.2 ms