Protein–RNA interactions for Protein: Q04844

CHRNE, Acetylcholine receptor subunit epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHRNEQ04844 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHRNEQ04844 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHRNEQ04844 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHRNEQ04844 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHRNEQ04844 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHRNEQ04844 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHRNEQ04844 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHRNEQ04844 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHRNEQ04844 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CHRNEQ04844 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHRNEQ04844 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHRNEQ04844 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHRNEQ04844 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHRNEQ04844 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHRNEQ04844 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms