Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HERPUD2Q9BSE4 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HERPUD2Q9BSE4 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
HERPUD2Q9BSE4 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms