Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
UBE3DQ7Z6J8 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
UBE3DQ7Z6J8 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
UBE3DQ7Z6J8 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
UBE3DQ7Z6J8 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
UBE3DQ7Z6J8 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
UBE3DQ7Z6J8 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
UBE3DQ7Z6J8 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
UBE3DQ7Z6J8 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
UBE3DQ7Z6J8 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
UBE3DQ7Z6J8 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
UBE3DQ7Z6J8 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.5 ms