Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP4Q13107 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP4Q13107 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP4Q13107 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP4Q13107 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP4Q13107 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP4Q13107 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP4Q13107 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP4Q13107 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP4Q13107 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP4Q13107 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP4Q13107 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP4Q13107 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP4Q13107 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP4Q13107 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP4Q13107 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP4Q13107 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP4Q13107 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP4Q13107 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP4Q13107 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP4Q13107 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP4Q13107 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.45■■□□□ 1.67
USP4Q13107 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP4Q13107 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
USP4Q13107 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP4Q13107 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP4Q13107 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP4Q13107 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP4Q13107 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP4Q13107 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP4Q13107 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP4Q13107 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP4Q13107 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP4Q13107 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP4Q13107 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP4Q13107 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP4Q13107 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP4Q13107 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP4Q13107 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP4Q13107 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP4Q13107 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP4Q13107 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP4Q13107 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP4Q13107 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP4Q13107 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP4Q13107 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP4Q13107 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP4Q13107 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP4Q13107 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP4Q13107 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP4Q13107 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP4Q13107 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP4Q13107 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP4Q13107 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP4Q13107 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP4Q13107 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP4Q13107 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP4Q13107 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP4Q13107 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP4Q13107 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP4Q13107 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP4Q13107 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
USP4Q13107 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP4Q13107 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP4Q13107 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
USP4Q13107 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
USP4Q13107 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP4Q13107 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP4Q13107 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP4Q13107 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP4Q13107 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP4Q13107 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP4Q13107 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP4Q13107 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
USP4Q13107 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP4Q13107 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP4Q13107 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
USP4Q13107 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP4Q13107 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP4Q13107 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP4Q13107 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP4Q13107 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP4Q13107 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
USP4Q13107 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP4Q13107 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP4Q13107 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP4Q13107 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP4Q13107 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP4Q13107 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP4Q13107 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP4Q13107 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
USP4Q13107 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
USP4Q13107 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.33■■□□□ 1.64
USP4Q13107 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
USP4Q13107 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP4Q13107 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP4Q13107 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP4Q13107 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP4Q13107 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP4Q13107 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
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