Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A3P12111 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A3P12111 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A3P12111 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A3P12111 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A3P12111 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A3P12111 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A3P12111 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A3P12111 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A3P12111 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A3P12111 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A3P12111 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
COL6A3P12111 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL6A3P12111 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70 ms