Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC31.62■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC31.61■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC31.6■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.6■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC31.6■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC31.59■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC31.59■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.57■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC31.55■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC31.53■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC31.52■■■□□ 2.64
CCDC87Q9NVE4 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC31.51■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC31.51■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.51■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.5■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.5■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC31.5■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC31.5■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC31.5■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC31.49■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC31.48■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC31.47■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC31.46■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC31.46■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC31.45■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC31.45■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC31.45■■■□□ 2.63
CCDC87Q9NVE4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.45■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.44■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.44■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC31.44■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC31.43■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC31.42■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC31.42■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.42■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC31.41■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC31.4■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC31.4■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
CCDC87Q9NVE4 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms