Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
HDDC3Q8N4P3 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
HDDC3Q8N4P3 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HDDC3Q8N4P3 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HDDC3Q8N4P3 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
HDDC3Q8N4P3 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
HDDC3Q8N4P3 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HDDC3Q8N4P3 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HDDC3Q8N4P3 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HDDC3Q8N4P3 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
HDDC3Q8N4P3 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
HDDC3Q8N4P3 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
HDDC3Q8N4P3 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.9 ms