Protein–RNA interactions for Protein: P54753

EPHB3, Ephrin type-B receptor 3, humanhuman

Predictions only

Length 998 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EPHB3P54753 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
EPHB3P54753 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.84■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
EPHB3P54753 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
EPHB3P54753 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
EPHB3P54753 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
EPHB3P54753 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
EPHB3P54753 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
EPHB3P54753 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
EPHB3P54753 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
EPHB3P54753 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
EPHB3P54753 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
EPHB3P54753 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
EPHB3P54753 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 89.5 ms