Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PTPN4P29074 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63 ms