Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LHX3Q9UBR4 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LHX3Q9UBR4 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC25■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.59
LHX3Q9UBR4 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.93■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50 ms