Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
DKK3Q9UBP4 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
DKK3Q9UBP4 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
DKK3Q9UBP4 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
DKK3Q9UBP4 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
DKK3Q9UBP4 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
DKK3Q9UBP4 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
DKK3Q9UBP4 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
DKK3Q9UBP4 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
DKK3Q9UBP4 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
DKK3Q9UBP4 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
DKK3Q9UBP4 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
DKK3Q9UBP4 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
DKK3Q9UBP4 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
DKK3Q9UBP4 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.84■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
DKK3Q9UBP4 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
DKK3Q9UBP4 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
DKK3Q9UBP4 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms