Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC27.16■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.15■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC27.14■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC27.13■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC27.12■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC27.08■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
PCIF1Q9H4Z3 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
PCIF1Q9H4Z3 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC26.99■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
PCIF1Q9H4Z3 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.5 ms