Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC54Q8NEL0 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC54Q8NEL0 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 228 ms