Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC29.08■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SYNE3Q6ZMZ3 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC29.01■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.23
SYNE3Q6ZMZ3 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC28.89■■■□□ 2.22
SYNE3Q6ZMZ3 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
SYNE3Q6ZMZ3 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
SYNE3Q6ZMZ3 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SYNE3Q6ZMZ3 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SYNE3Q6ZMZ3 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
SYNE3Q6ZMZ3 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SYNE3Q6ZMZ3 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms