Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQ90

KLHDC3, Kelch domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHDC3Q9BQ90 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
KLHDC3Q9BQ90 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
KLHDC3Q9BQ90 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
KLHDC3Q9BQ90 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
KLHDC3Q9BQ90 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
KLHDC3Q9BQ90 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
KLHDC3Q9BQ90 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.4 ms