Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL6A1P12109 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL6A1P12109 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms