Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS29Q9UBQ0 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS29Q9UBQ0 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 316.1 ms