Protein–RNA interactions for Protein: Q9HCM9

TRIM39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, humanhuman

Predictions only

Length 518 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM39Q9HCM9 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM39Q9HCM9 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM39Q9HCM9 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM39Q9HCM9 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM39Q9HCM9 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM39Q9HCM9 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM39Q9HCM9 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM39Q9HCM9 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM39Q9HCM9 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM39Q9HCM9 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms