Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY09

COL28A1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,125 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL28A1Q2UY09 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
COL28A1Q2UY09 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL28A1Q2UY09 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL28A1Q2UY09 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.7 ms