RNA–Protein interactions for RNA: YDR243C

PRP28, Transcript of RNA helicase in the DEAD-box family, yeast

Gene PRP28, Length 1,767 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PRP28	YDR243C	DMA2	P53924	522 aa		4.96	□□□□□ -1.61
PRP28	YDR243C	HOT1	Q03213	719 aa		4.96	□□□□□ -1.61
PRP28	YDR243C	KRE28	Q04431	385 aa		4.96	□□□□□ -1.61
PRP28	YDR243C	WHI5	Q12416	295 aa		4.96	□□□□□ -1.61
PRP28	YDR243C	KIP2	P28743	706 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	IXR1	P33417	597 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SKI2	P35207	1287 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.96	□□□□□ -1.62	not detected
PRP28	YDR243C	YBL036C	P38197	257 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	ORM1	P53224	222 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	FMP30	Q02883	468 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	GYL1	Q04322	720 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	NOC3	Q07896	663 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SGT2	Q12118	346 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	RUD3	Q12234	484 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SAC3	P46674	1301 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	HMG1	P12683	1054 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	PET123	P17558	318 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	CDC48	P25694	835 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	RPN12	P32496	274 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	KAR9	P32526	644 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	GEF1	P37020	779 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	UBP13	P38187	747 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SDS3	P40505	327 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	KEL2	P50090	882 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	PRP43	P53131	767 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	KRE33	P53914	1056 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	RSM28	Q03430	361 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	PCL8	Q08966	492 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	HSP42	Q12329	375 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	ROM2	P51862	1356 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	MET5	P47169	1442 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	GCN2	P15442	1659 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	CSE1	P33307	960 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	COY1	P34237	679 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	MPE1	P35728	441 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	NMD3	P38861	518 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	RRT14	P40470	206 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	CIR1	P42940	261 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	MRX12	P47084	519 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	YJR008W	P47085	338 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	MSB3	P48566	633 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	MSN5	P52918	1224 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	ASI1	P54074	624 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	UBP3	Q01477	912 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.94	□□□□□ -1.62	not detected
PRP28	YDR243C	ITT1	Q04638	464 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	ERB1	Q04660	807 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	DNL4	Q08387	944 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	HMI1	Q12039	706 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	CHS5	Q12114	671 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	NUP159	P40477	1460 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	PDR18	P53756	1333 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	CDC10	P25342	322 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	STE5	P32917	917 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	TBS1	P38114	1094 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SPC72	P39723	622 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SET2	P46995	733 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	YJR142W	P47173	342 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	PRP31	P49704	494 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	NAF1	P53919	492 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	REX2	P54964	269 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	MSH6	Q03834	1242 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	YMR111C	Q04461	462 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	YPR084W	Q06821	456 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	CMS1	Q07897	291 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SRS2	P12954	1174 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SEC15	P22224	910 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	UGA3	P26370	528 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	MET4	P32389	672 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	MRT4	P33201	236 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SEC66	P33754	206 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	PET112	P33893	541 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SLD2	P34252	453 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	RFC5	P38251	354 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SSZ1	P38788	538 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	UBP12	P39538	1254 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	MET18	P40469	1032 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	DSL1	P53847	754 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	TSR1	Q07381	788 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	IQG1	Q12280	1495 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SWI1	P09547	1314 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	TEC1	P18412	486 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	PHO84	P25297	587 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	ARC19	P33204	171 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SRL3	P36167	246 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	OSH3	P38713	996 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	ACO2	P39533	789 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	RVS167	P39743	482 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	TIM50	Q02776	476 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	GIR2	Q03768	265 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	PUF6	Q04373	656 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	RSA3	Q05942	220 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	APC5	Q08683	685 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	TRS33	Q99394	268 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SSK2	P53599	1579 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	AUS1	Q08409	1394 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	PET494	P07390	489 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	GAL11	P19659	1081 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	YDJ1	P25491	409 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	BIO2	P32451	375 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	MFT1	P33441	392 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62

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