RNA–Protein interactions for RNA: YOR054C

VHS3, Transcript of Negative regulatory subunit of protein phosphatase 1 Ppz1p, yeast

Gene VHS3, Length 2,025 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VHS3	YOR054C	RAD16	P31244	790 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	TTI1	P36097	1038 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	TOM71	P38825	639 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SLX8	P40072	274 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	CCT5	P40413	562 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	FKH1	P40466	484 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	INP52	P50942	1183 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SNU71	P53207	620 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	TFB3	Q03290	321 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	CTI6	Q08923	506 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	YRF1-3	P0CX14	1859 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	YRF1-7	P0CX15	1859 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	YRF1-6	P53819	1859 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	TRL1	P09880	827 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	PRD1	P25375	712 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	CDC60	P26637	1090 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	PTC3	P34221	468 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	BRL1	P38770	471 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	LAM1	P38851	1228 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	OSW7	P43611	510 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	VMS1	Q04311	632 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	LCB5	Q06147	687 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	HIF1	Q12373	385 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	FRS2	P15625	503 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SLX5	P32828	619 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SKI2	P35207	1287 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.56	□□□□□ -1.68	not detected
VHS3	YOR054C	SPT8	P38915	602 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SEC9	P40357	651 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	AIM20	P40451	204 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SGD1	Q06132	899 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	ARR1	Q06596	294 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	RTT109	Q07794	436 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	CMS1	Q07897	291 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	KEX2	P13134	814 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	STE11	P23561	717 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	ELM1	P32801	640 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	UBP14	P38237	781 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	RRD1	P40454	393 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	TFG1	P41895	735 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	JJJ1	P53863	590 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	STE20	Q03497	939 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	RBA50	Q04418	439 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	GGA1	Q06336	557 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SDH5	Q08230	162 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	ATG9	Q12142	997 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SMC6	Q12749	1114 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	TY4B-P	A0A0B7P3V8	1104 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	CDC37	P06101	506 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	MBR1	P23493	339 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	PRP45	P28004	379 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SPR3	P41901	512 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	ALD4	P46367	519 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SUB2	Q07478	446 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	KRS1	P15180	591 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	PRP16	P15938	1071 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	CDC3	P32457	520 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	CDC11	P32458	415 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SPT16	P32558	1035 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	EXO84	P38261	753 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	CAB1	Q04430	367 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SFH1	Q06168	426 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	YOR238W	Q08634	303 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	CIR2	Q08822	631 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	RUD3	Q12234	484 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	MCM16	Q12262	181 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	MUD2	P36084	527 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	GEF1	P37020	779 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	CCT4	P39078	528 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	VHR2	P40041	505 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	YRB1	P41920	201 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	RPN11	P43588	306 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	YJL181W	P46987	611 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	RTF1	P53064	558 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	INP2	Q03824	705 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	TY4A-H	Q6Q5P6	413 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SWI1	P09547	1314 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	CLN1	P20437	546 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	DAL7	P21826	554 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	PKC1	P24583	1151 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	ECM32	P32644	1121 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SEC66	P33754	206 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	RRP1	P35178	278 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	PCH2	P38126	564 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	REI1	P38344	393 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	YGL242C	P53066	181 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	CUS1	Q02554	436 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	YOR223W	Q12015	292 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	PMR1	P13586	950 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	PRE10	P21242	288 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.53	□□□□□ -1.68	not detected
VHS3	YOR054C	UBC1	P21734	215 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	TOA1	P32773	286 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	TIM11	P81449	96 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SEC5	P89102	971 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	STE23	Q06010	1027 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	GLE1	Q12315	538 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	NKP1	Q12493	238 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	PDR18	P53756	1333 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	RPL19A	P0CX82	189 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
VHS3	YOR054C	RPL19B	P0CX83	189 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
VHS3	YOR054C	RPO26	P20435	155 aa		4.52	□□□□□ -1.69

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