RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637578.1

CLN3-260, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,577 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-260ENST00000637578 KDM5DQ9BY66 1539 aa29.83■■■□□ 2.37
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CLN3-260ENST00000637578 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP29.81■■■□□ 2.36
CLN3-260ENST00000637578 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa29.81■■■□□ 2.36
CLN3-260ENST00000637578 KIF15Q9NS87 1388 aa29.81■■■□□ 2.36
CLN3-260ENST00000637578 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa29.77■■■□□ 2.36
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CLN3-260ENST00000637578 NCOA1Q15788 1441 aa29.74■■■□□ 2.35
CLN3-260ENST00000637578 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa29.73■■■□□ 2.35
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CLN3-260ENST00000637578 MYO3AQ8NEV4 1616 aa29.7■■■□□ 2.35
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CLN3-260ENST00000637578 TNRQ92752 1358 aa29.67■■■□□ 2.34
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CLN3-260ENST00000637578 CEP152O94986 1710 aa29.55■■■□□ 2.32
CLN3-260ENST00000637578 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP29.54■■■□□ 2.32
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CLN3-260ENST00000637578 VWDEQ8N2E2 1590 aa29.54■■■□□ 2.32
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CLN3-260ENST00000637578 ROCK1Q13464 1354 aa29.53■■■□□ 2.32
CLN3-260ENST00000637578 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa29.53■■■□□ 2.32
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CLN3-260ENST00000637578 LMTK2Q8IWU2 1503 aa29.51■■■□□ 2.31
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CLN3-260ENST00000637578 CERKQ8TCT0 537 aa29.49■■■□□ 2.31
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CLN3-260ENST00000637578 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP29.3■■■□□ 2.28
CLN3-260ENST00000637578 IDI1Q13907 227 aa29.28■■■□□ 2.28
CLN3-260ENST00000637578 TET3O43151 1660 aa29.27■■■□□ 2.28
CLN3-260ENST00000637578 SYNMO15061 1565 aa29.27■■■□□ 2.28
CLN3-260ENST00000637578 ARHGAP23Q9P227 1491 aa29.26■■■□□ 2.28
CLN3-260ENST00000637578 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP29.25■■■□□ 2.27
CLN3-260ENST00000637578 SLIT1O75093 1534 aa29.25■■■□□ 2.27
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CLN3-260ENST00000637578 IQSEC2Q5JU85 1478 aa29.24■■■□□ 2.27
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CLN3-260ENST00000637578 IQGAP1P46940 1657 aa29.17■■■□□ 2.26
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CLN3-260ENST00000637578 HDGFP51858 240 aaKnown RBP28.95■■■□□ 2.22
CLN3-260ENST00000637578 MYO5BQ9ULV0 1848 aa28.95■■■□□ 2.22
CLN3-260ENST00000637578 LRRC7Q96NW7 1537 aa28.93■■■□□ 2.22
CLN3-260ENST00000637578 CHGAP10645 457 aaKnown RBP28.92■■■□□ 2.22
CLN3-260ENST00000637578 PLEKHG1Q9ULL1 1385 aa28.92■■■□□ 2.22
CLN3-260ENST00000637578 ABCF1Q8NE71 845 aaKnown RBP eCLIP28.91■■■□□ 2.22
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